Nasuprot tome, egiptolog Cyril Aldred u svojoj knjizi Echnaton – Gott und Pharao Aegyptens (1988., str. 265), razmišlja: "Ako je Nefertiti zaista pala u nemilost, teško da bi Ehnatonov novi suvladar Smenkhare prisvojio njeno kraljevsko ime."

Svi ovi krivi zaključci, pojašnjava Christine El Mahdy, polaze od pretpostavke,

"da je nakon 12-te godine Ehnatonove vladavine, u kojoj je Nefertiti nestala iz svih dokumenata, Smenkhare preuzeo njen naslov Neferneferuaton. Budući da je Nefertiti u dvanaestoj godini nestala, zaključilo se da vladarsko ime više ne može biti njeno, te je dano Smenkhare, koji ju je zamijenio. Gdje god je, dakle, u zadnjim godinama Ehnatonove vladavine pronađen naslov Neferneferuaton Meri Vaenra, znanstvenici su ga obznanili kao 'Smenkhare', premda je to bilo priznato Nefertitino ime. A stvarno ime 'Smenkhare' u zapisima se pojavljuje iznimno rijetko." (str. 359).

Nakon Ehnatonove smrti Smenkhare je postao jedini vladar i uzela je vladarsko ime Ankheprure, koje se ponekad pisalo i Ankh-et-prure. Član -et- u staroegipatskom ukazuje da se radi o ženskom imenu.

"Svi arheološki dokazi sve jače upućuju na to da Smenkhare Ankh(et)prure nije bila nitko drugi do sama Nefertiti. Na koncu, ime Neferneferuaton bilo je nedvojbeno njeno, a uzelo se zdravo za gotovo da je nakon 12. godine dano Smenkhare, pošto je Nefertiti nestala. I baš taj nestanak zbunjuje znanstvenike sve do danas [...]

Sada možemo po prvi put vidjeti Ehnatona kakav je uistinu bio. Smenkhare (kao muškarac) nikad nije postojao. Nefertiti nikad nije odbačena. Naprotiv, Ehnaton je ljubav svog života uzdigao do najviše moći – što se svakako moglo i očekivati. Tako je ona krenula stopama velikih kraljica 18.-te dinastije – Tetisheri, Ahmose-Nefertari, Ahotep i Hatšepsut."

(isto, str. 361, 365)

Ehnaton je umro u 17.-oj godini svoje vladavine, star oko trideset pet godina. O uzroku smrti ništa nije poznato. Nefertiti je preuzela muževu poziciju. Budući da je pravilo bilo da faraon mora imati pored sebe ženu kao "kraljevu suprugu", Nefertiti je k sebi uzela svoju najstariju kćer Meritaton (u to vrijeme bile su žive još samo dvije od njihovih šest kćeri). Tako su odjednom na egipatskom tronu bile dvije žene, što je za predstavnike patrijarhata i Amonova kulta morala biti nepodnošljiva prijetnja. Pronađeni tragovi pokazuju da su obje – majka i kći – dvije godine kasnije istovremeno nestale. Možda su ubijene, možda su umrle od neke epidemije, a možda su, kao faraonke, napustile Amarnu kako bi se pokazale kraljevstvu.

Njihov nasljednik bio je mladi Tutankamon, Sin Ehnatona i njegove sporedne žene Kije. On je umro nakon samo devet godina, oko svoje osamnaeste, a za njim je nakratko na tron došao stari i vjerni Ay, no ni on nije mogao sačuvati ništa od Ehnatonovih težnji. Nakon njegove smrti moć je preuzeo vojskovođa Horemheb, a tron je prepustio svom vojnom prijatelju Ramzesu, čime je nastala 19.-ta dinastija.

Gore izloženim pojašnjenjem razišao se tamni oblak nad Ehnatonovom biografijom: navodno odbacivanje svoje supruge i ozloglašeni odnos sa Smenkhare, kojem je bio toliko predan da ga je čak učinio svojim nasljednikom.

Ako želimo zahvatiti u značenje Ehnatonove reformacije u njenoj duhovnoj dimenziji, najprije moramo rasvijetliti još jednu sjenu, naime Ehnatonovu navodnu ikonoklastiju. Zaista su u Egiptu sa mnogo stela uklonjena imena bogova, a sumnja je pala na Ehnatona, kao jedinog faraona koji je u vezi s tim mogao biti u pitanju. Ističe li se Ehnatonova reformacija uništavajućim bijesom i netolerancijom?

Promotrimo kao prvo "Meku" Ehnatonova slavljenja Atona, grad Akhetaton. Je li taj grad, koji se nalazio u izoliranom području, bio diktatorski sektaški centar u kojem je svima prisutnima nametnut sasvim određeni program? Christine El Mahdy u svojoj knjizi tvrdi: