Na mnogim, ali ne i svim prikazima, Ehnaton, Nefertiti i njihova djeca (sve kćeri, ukupno šest) imaju izobličene, neproporcionalne crte: izdužene zatiljke, ponekad karikaturalno prikazana lica, tanki vratovi, preuveličani bokovi i bedra, tanke potkoljenice. Tom umjetničkom stilu, koji bi se iz današnje vizure mogao opisati kao naturalističko-ekspresionistički, u egipatskoj povijesti i u cijeloj antici nije bilo sličnog. U očuvanim preostalim zapisima umjetnici su se hvalili da su upute dobili od kralja osobno. Jesu li se te upute odnosile na stil, ne znamo. Jedan ikonografski element, koji nesumnjivo upućuje na kralja osobno, jest simbol Atona koji dominira skoro svakom scenom: sunčev disk sa zrakama koje završavaju u rukama. One zrake koje dođu pred lice faraona i faraonke sadrže omčasti križ Ankh, simbol života.
Kao što se pokazalo tijekom narednih istraživanja, Ehnaton je bio faraon koji je započeo religijsku i kulturnu reformaciju, kojom se usprotivio svećeničkom mnogoboštvu. Ta reformacija očito nije bila svugdje prihvaćena. Ubrzo nakon Ehnatonove smrti, mnogi zapisi koji su sadržavali njegovo i Nefertitino ime bili su ili uništeni, ili su njihova imena zamijenjena drugima. Njihov grad pretvoren je u kamenolom, a grobovi oskvrnuti.
Istraživač Egipta Arthur Wegall objavio je 1910. prvu Ehnatonovu biografiju: The Life and Times of Akhnaton, Pharaon of Egypt. Wegall je ukazao na to da između Ehnatonovog i Isusovog učenja postoje upadljive paralele, kao i između Himne Suncu i Psalma 104; nijedna religija nije toliko bliska kršćanstvu kao Ehnatonova. Za egiptologa Jamesa H. Breasteda Ehnaton je bio "prvi idealist" i prvi "individuum" koji se pojavio u svjetskoj povijesti. Za Sigmunda Freuda Ehnaton je bio Mojsijev "mentor", a to mišljenje preuzeli su i drugi judeokršćanski istraživači i teolozi. Za rozenkrojcere je Ehnaton jedan od ranih majstora i Božjih proroka. U modernom New Age-u neki eksponenti čak tvrde da je bio vanzemaljac ili nadčovjek (na temelju nezemaljskog oblika lubanje i tijela, kako su on i njegove kćeri više puta prikazani); prema Drunvalu Mechizedeku je Ehnaton bio visok četiri metra.
Međutim, kroz neka otkrića i iz njih izvedenih interpretacija, idealistička slika ubrzo se zamutila. Ehnaton je vladao sedamnaest godina, a otkriveni su tragovi koji su upućivali na to da je Nefertiti u dvanaestoj godini nestala. Na njenom mjestu pojavila se osoba imenom Smenkhare, kojoj je Ehnaton očito bio sklon i koja je čak bila njegov nasljednik. Je li možda Ehnaton bio homoseksualan, pa je u dvanaestoj godini odbacio svoju lijepu suprugu kako bi svoju seksualnu sklonost mogao i javno proživjeti? Postoji jedan prikaz u kojem Ehnaton tu osobu nježno grli. Je li cijeli taj religiozni metež i slika obiteljske harmonije bila samo fasada iza koje je krio pravo, puno mračnije lice? Naime, na stupovima, zidovima i u grobovima pronađena su izgrebana imena bogova. Je li to napravio Ehnaton? Je li bio tiranin i fanatik koji je dao prognati sve ostale bogove?
Onda je u Amarni pronađen i zatrpani državni arhiv s mnogim dopisima napisanima klinastim pismom, iz kojih proizlazi da su vazali sjevernih provincija u Siriji i Palestini zvali faraona u pomoć, jer su drugi osvajači napadali ta područja. Ali Ehnaton nije reagirao. On je egipatsko veliko carstvo pretvorio gotovo u ruševine, u unutarnjoj politici izazvavši kaos, a u vanjskoj prepuštajući provincije njihovoj sudbini.
Na temelju ovih otkrića razbuktale su se žestoke diskusije: Tko je bio Ehnaton? Je li bio genije, prorok, vizionar budućnosti? Ili tiranin, duševni bolesnik, netolerantni fanatik? Je li postao ravnodušan i otuđen, opsjednut samo svojim idejama i gluh za pozive upomoć podčinjenih? Od samog početka, mišljenja o Ehnatonu su se sukobljavala, a svaka teza našla je svoje sljedbenike.
Zahvaljujući novijim saznanjima, danas možemo izvući dobro utemeljene zaključke o njegovoj osobi i njegovom učenju. Ono što se tada dogodilo i danas je vrlo relevantno, jer se jedan političar s vrha usudio dosljedno ići putem peaceful warrior-a i suprotstaviti se vladajućim moćima, kako svjetovnim tako i okultnim.
